EPUB的历史比想象中更久，其源头可以追溯到1999年获批的OEBPS（Open eBook Publication Structure）这一交换格式。制定它的团体后来组织成了国际数字出版论坛（IDPF）。
此后人们认识到需要一种能打包成单一文件来分发的格式，EPUB 2.0于2007年10月获批。2010年9月又发布了以澄清规范、订正错误为主要目的的EPUB 2.0.1。
然后在2011年，作为一次大改版，EPUB 3.0登场了。这次改版让它与HTML紧密结合，并带来了多媒体功能、更精细的版式显示与字体嵌入、脚本带来的交互功能、更强的全球语言支持，以及无障碍方面的改进。让文本与音频同步的「媒体覆盖（Media Overlays）」这一新规范，也是这时引入的。
也就是说，EPUB 3.0不只是一次版本升级，可以说是重新打好了电子书格式地基的一版。
从制作者的角度看，影响较大的区别有这些。
| 项目 | EPUB 2 | EPUB 3 |
|---|---|---|
| 正文的写法 | 以XHTML 1.1为基础 | 以HTML5为基础 |
| 目录 | toc.ncx | 必须有导航文档（nav.xhtml） |
| 日文竖排 | 实际上做不到 | 支持 |
| 注音 | 实际上做不到 | 支持 |
| 固定版式 | 无 | 支持 |
| 与音频同步 | 无 | 媒体覆盖 |
在实务中影响尤其大的是目录的处理方式。EPUB 2使用的 toc.ncx 这个文件，在EPUB 3里被换成了新的导航文档。EPUB 2的阅读系统对 toc.ncx 的支持是可选的，而EPUB 3规定必须包含导航文档，并且必须支持它。
打开EPUB文件看，有时会发现nav.xhtml 和 toc.ncx 两个都在。这是为了让老的阅读软件也能用上目录而留的余地。作为EPUB 3，有 nav.xhtml 就够了，但为了兼容性有时会保留旧文件。
这是对在日本做书的人最重要的一点。
日文的竖排和注音，是从EPUB 3开始才能用的。 EPUB 2的时代，用标准规格来表现日文书籍实际上是做不到的。因此国内的电子书长期处于各家使用自有格式的状态。
这一状况的改变，背后有日本方面的推动。据日本电子出版协会（JEPA）的说明，3.0以后，经由日本国内有识之士与相关方的巨大努力和各种推动，日本的实际情况被大幅吸纳进来，EPUB作为日本国内电子书格式的地位由此变得不可动摇。
成为标准规格的意义，同一份说明里也讲到了：任何人都能自由地、面向绝大多数读者制作电子书——这被指出是EPUB最大的优点。
也就是说，个人之所以能把自己的小说做成竖排的电子书发出去，靠的是EPUB 3。 上一章提到的「更强的全球语言支持」这一句话的内涵，对日文使用者来说就有这么大的分量。
EPUB 3.0之后，规范也在一点点更新。
| 版本 | 时期 | 定位 |
|---|---|---|
| EPUB 3.0 | 2011年 | 对EPUB 2的大改版。支持竖排、注音、固定版式 |
| EPUB 3.0.1 | 2014年 | 为维护与改进而做的更新 |
| EPUB 3.1 | 2017年 | IDPF主持的最后一版 |
| EPUB 3.2 | 2019年5月 | 由W3C的EPUB 3社区组制定。重视兼容性的一版 |
| EPUB 3.3 | 2023年5月 | EPUB系列中第一个W3C推荐标准 |
| EPUB 3.4 | 制定中 | 2026年7月发布候选推荐标准。成为推荐标准预计在2026年10月19日之后 |
2017年IDPF并入W3C之后，EPUB的规范就成了由制定Web标准的团体来管理的东西。EPUB 3.3之所以被称为「第一个W3C推荐标准」，正是因为这段经过。
而且各版本都是按保持兼容来做的。EPUB 3.3与EPUB 3.2向后兼容，规定作为EPUB 3.2正确的文件，作为EPUB 3.3也是正确的。从EPUB 3.2迁移到3.3，被说明为不需要改变制作流程。
下一版EPUB 3.4正在讨论深色模式的支持，以及脚注、尾注写法的标准化等项目。此外还设立了专门讨论数字漫画支持的工作小组，漫画在EPUB里该怎么处理，此刻正在国际上讨论之中。
看到这里会冒出一个疑问：最新的都到3.3了，为什么很多工具和商店还写「支持EPUB 3.0」呢。
答案很简单，因为把「EPUB 3」这个格式名，和规范书的版本号混为一谈了。
W3C的说明里也把这一点列为初次接触EPUB的人容易绊倒的问题，并明确写着小数点后面的号码是用来区分规范书的发布的，并不是每出一个新版就变成一种新格式。
也就是说，「支持EPUB 3.0」这一写法，严格来讲几乎都是在表达「支持EPUB 3这个格式」。并不需要为3.0和3.3分别做不同的文件。
对制作者来说，结论很简单。
nav.xhtml 。如果还想照顾老环境，就再附上 toc.ncx 实际上，只要使用自动生成EPUB的工具，这些要求工具那边都会替你满足。需要手工去操心版本号的场合，可以说几乎没有。