EPUB的歷史比想象中更久，其源頭可以追溯到1999年獲批的OEBPS（Open eBook Publication Structure）這一交換格式。制定它的團體後來組織成了國際數字出版論壇（IDPF）。
此後人們認識到需要一種能打包成單一檔案來分發的格式，EPUB 2.0於2007年10月獲批。2010年9月又發布了以澄清規範、訂正錯誤為主要目的的EPUB 2.0.1。
然後在2011年，作為一次大改版，EPUB 3.0登場了。這次改版讓它與HTML緊密結合，並帶來了多媒體功能、更精細的版式顯示與字體嵌入、脚本帶來的交互功能、更強的全球語言支援，以及無障礙方面的改進。讓文本與音頻同步的「媒體覆蓋（Media Overlays）」這一新規範，也是這時引入的。
也就是說，EPUB 3.0不只是一次版本升級，可以說是重新打好了電子書格式地基的一版。
從製作者的角度看，影響較大的區別有這些。
| 項目 | EPUB 2 | EPUB 3 |
|---|---|---|
| 正文的寫法 | 以XHTML 1.1為基礎 | 以HTML5為基礎 |
| 目錄 | toc.ncx | 必須有導航文檔（nav.xhtml） |
| 日文豎排 | 實際上做不到 | 支援 |
| 注音 | 實際上做不到 | 支援 |
| 固定版式 | 無 | 支援 |
| 與音頻同步 | 無 | 媒體覆蓋 |
在實務中影響尤其大的是目錄的處理方式。EPUB 2使用的 toc.ncx 這個檔案，在EPUB 3裡被換成了新的導航文檔。EPUB 2的閱讀系統對 toc.ncx 的支援是可選的，而EPUB 3規定必須包含導航文檔，並且必須支援它。
打開EPUB檔案看，有時會發現nav.xhtml 和 toc.ncx 兩個都在。這是為了讓老的閱讀軟體也能用上目錄而留的余地。作為EPUB 3，有 nav.xhtml 就夠了，但為了相容性有時會保留舊檔案。
這是對在日本做書的人最重要的一點。
日文的豎排和注音，是從EPUB 3開始才能用的。 EPUB 2的時代，用標準規格來表現日文書籍實際上是做不到的。因此國內的電子書長期處於各家使用自有格式的狀態。
這一狀況的改變，背後有日本方面的推動。據日本電子出版協會（JEPA）的說明，3.0以後，經由日本國內有識之士與相關方的巨大努力和各種推動，日本的實際情況被大幅吸納進來，EPUB作為日本國內電子書格式的地位由此變得不可動搖。
成為標準規格的意義，同一份說明裡也講到了：任何人都能自由地、面向絕大多數讀者製作電子書——這被指出是EPUB最大的優點。
也就是說，個人之所以能把自己的小說做成豎排的電子書發出去，靠的是EPUB 3。 上一章提到的「更強的全球語言支援」這一句話的內涵，對日文使用者來說就有這麼大的分量。
EPUB 3.0之後，規範也在一點點更新。
| 版本 | 時期 | 定位 |
|---|---|---|
| EPUB 3.0 | 2011年 | 對EPUB 2的大改版。支援豎排、注音、固定版式 |
| EPUB 3.0.1 | 2014年 | 為維護與改進而做的更新 |
| EPUB 3.1 | 2017年 | IDPF主持的最後一版 |
| EPUB 3.2 | 2019年5月 | 由W3C的EPUB 3社區組制定。重視相容性的一版 |
| EPUB 3.3 | 2023年5月 | EPUB系列中第一個W3C推薦標準 |
| EPUB 3.4 | 制定中 | 2026年7月發布候選推薦標準。成為推薦標準預計在2026年10月19日之後 |
2017年IDPF並入W3C之後，EPUB的規範就成了由制定Web標準的團體來管理的東西。EPUB 3.3之所以被稱為「第一個W3C推薦標準」，正是因為這段經過。
而且各版本都是按保持相容來做的。EPUB 3.3與EPUB 3.2向後相容，規定作為EPUB 3.2正確的檔案，作為EPUB 3.3也是正確的。從EPUB 3.2遷移到3.3，被說明為不需要改變製作流程。
下一版EPUB 3.4正在討論深色模式的支援，以及脚注、尾注寫法的標準化等項目。此外還設立了專門討論數字漫畫支援的工作小組，漫畫在EPUB裡該怎麼處理，此刻正在國際上討論之中。
看到這裡會冒出一個疑問：最新的都到3.3了，為什麼很多工具和商店還寫「支援EPUB 3.0」呢。
答案很簡單，因為把「EPUB 3」這個格式名，和規範書的版本號混為一談了。
W3C的說明裡也把這一點列為初次接觸EPUB的人容易絆倒的問題，並明確寫著小數點後面的號碼是用來區分規範書的發布的，並不是每出一個新版就變成一種新格式。
也就是說，「支援EPUB 3.0」這一寫法，嚴格來講幾乎都是在表達「支援EPUB 3這個格式」。並不需要為3.0和3.3分別做不同的檔案。
對製作者來說，結論很簡單。
nav.xhtml 。如果還想照顧老環境，就再附上 toc.ncx 實際上，只要使用自動生成EPUB的工具，這些要求工具那邊都會替你滿足。需要手工去操心版本號的場合，可以說幾乎沒有。