這兩種格式，最初想解決的問題就不一樣。
一句話概括，PDF是「把紙原樣帶走」的格式，EPUB是「在螢幕上舒服地讀」的格式。無所謂孰優孰劣，只是目的不同。
差距最明顯的場合，是用手機閱讀的時候。
按A4尺寸做的PDF在手機上打開，依然是A4。 縮到螢幕裡字就變小，放大了又得橫向滾動。這不是PDF的缺陷，而是「固定版式」這一設計本來的行為。
換成EPUB的重排型，文字會按螢幕寬度重新排布。 讀者把字調大，也只是頁數變多，閱讀體驗依然保持。
| EPUB（重排型） | ||
|---|---|---|
| 改變字級 | 讀者可自由調整 | 只能縮放 |
| 手機上的閱讀體驗 | 舒適 | 取決於製作方式 |
| 版面的還原度 | 隨環境變化 | 始終一致 |
| 朗讀功能 | 容易支援 | 取決於製作方式 |
| 列印 | 不太適合 | 拿手 |
能不能改字級，直接關系到有多少人讀得了這本書。對視力不佳的人和年長的讀者來說，字放不大的書就是讀不了的書。
如果作品以文字為主卻選了PDF，這一點值得放在心上。
製作的工夫也不一樣。
Word、Illustrator之類手邊的軟體可以直接導出。如果是精心排版的同人志，或者想把送印刷廠的資料原樣發出去，PDF要省事得多。
以文字為主的作品，EPUB帶給讀者的體驗更好。不過結構必須搭對，所以基本上要用專門的工具。
另外，EPUB還有一個好處是事後好改。裡面是HTML和CSS，改文字、調設計都不必重做版面。
這裡其實可能才是左右選擇的最大因素。
也就是說，「在哪裡發布」一旦定下來，格式也就定了一半。 拿不定主意時，先確認發布方的要求是最快的路。
從作品的性質來判斷，是這樣的。
實在難以判斷時，標準很簡單。
「讀者是在螢幕上讀，還是列印在紙上？」
在螢幕上讀就選EPUB，要印在紙上就選PDF。像漫畫那樣既在螢幕上讀、又想保住版面的，EPUB的固定版式可以同時滿足兩邊。
如果實在猶豫，兩種都發也是一個選擇。
實際上，同人志的發布中經常能看到把「列印用PDF」和「螢幕用EPUB」放在一起的做法。讀者可以按自己的閱讀方式挑，製作方也不必非要二選一。
雖然多了一道工序，但只要原稿相同，不過是多轉換一次。視作品的性質，這值得考慮。